Ilmu Perbandingan Agama di Indonesia di kenal sejak tahun 1930. Ilmu ini dipelajari pada sekolah-sekolah swasta, seperti pada kursus “Normal Puri”, Sekolah Tsanawiyah di Bukitinggi dan Islamic College di Padang. Materi ini diajarkan oleh Muchtar Luthfi dan Ilyas Ya’kub yang menjadi pengajar di sana dimana kedua nya pernah belajar di Kairo, Mesir. Ilmu ini juga dijadikan sebagai bidang studi, seperti yang dipraktikkan di Al-Jami’ah Al-Islamiyah di Batu Sangkar dan Training College di Paya Kumbuh. Prof. Dr. Mahmud Yunus, masyhur menjadi pengajar utama dengan buku karangannya ‘Al-Adyan‘, yang artinya ‘agama-agama/agama (jamak)’. Materi ini juga telah digunakan oleh Pondok Modern Darussalam Gontor, di Jawa Timur sebagai materi dalam kurikulum KMI (Kulliyatul Mu’alimin Al-Islamiyyah) untuk para santrinya. Materi ini juga diaplikasikan di level perguruan tingginya, yaitu di Fakultas Ushuluddin. Program Studi Perbandingan Agama lahir semenjak berdirinya perguruan tinggi ini. Tujuannya terutama tidaklah lain guna kepentingan dan orientasi dakwah bagi para alumni Gontor.

Pada tahun 1971 lahirlah jurusan Ilmu Perbandingan Agama di Institut agama Islam Negeri Ar-Raniry Banda Aceh pada Fakultas Ushuluddin. Seiring berjalannya waktu jurusan perbandingan agama sudah mulai menunjukkan eksistensinya dalam masyarakat terutama dalam hal menyelesaikan problem-problem keagamaan.pada tahun 2016 jurusan perbandingan agama mengalami perubahan akibat adanya kebijakan pembidangan ilmu dalam nomenklatur Pendidikan Tinggi Islam di lingkungan Kementerian Agama.Sehubungan dengan keluarnya nomenklatur baru prodi di lingkungan Kementerian Agama Islam, Pada akhir Agustus 2016 Kementerian Agama kembali mengeluarkan nomenklatur baru prodi dan gelar pada Perguruan Tinggi Islam Negeri dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 33 Tahun 2016 Prodi Perbandingan Agama telah dirubah nama menjadi Prodi Studi Agama-Agama.